Le premier Président de la Communauté de communes Flandre Lys fut élu lors du conseil communautaire du 13 mai 1993. Il s'agissait de Gustave Lambriquet. D'autres élus avaient été désignés pour siéger: Berthy Carette, Vice-Président; Pierrette Lefebvre, secrétaire, Claude Marcinkowski, Hubert Bouquet et Georges Ficheux en tant que membres du Bureau. Ils étaient en 1993 onze conseillers en exercice. 4 communes composaient à l'origine l'intercommunalité: Estaires, Haverskerque, La Gorgue et  Merville. En décembre 1993, la commune du Doulieu rejoint l'intercommunalité.

Lors du Conseil communautaire du 28 mars 1994, Monsieur Herman, maire du Doulieu, est élu membre du Bureau. Le nombre des conseillers en exercice passe alors à 13 personnes. Le 5 octobre 1995, Monsieur Gérard Beun est élu Président de la Communauté de communes Flandre Lys. Il gardera son siège jusqu'en 2001. La commune du Doulieu obtient son retrait de la Communauté de communes le 5 octobre 1995. 11 élus communautaires des villes d'Estaires, Haverskerque, la Gorgue et Merville vont désormais siéger jusqu'en 1997 où ils passeront à 23. Les compétences de la CCFL évoluent également, elle se structure et des opérations d'envergure commencent à poindre: aménagement des berges de la Lys, Maison Nautique, séjours vacances pour les adolescents, Paio ...

Lors du conseil communautaire du 18 avril 2001, Monsieur Hubert Bouquet est élu Président. Des commissions de travail se créent avec chacune à leur tête un Président. Le Bureau est élu, c'est à lui que revient la charge d'entériner ou non les projets qu'ils proposeront au vote du Conseil communautaire. Avec l'arrivée des trois communes du Pas de Calais au 1er janvier 2003  (Fleurbaix, Laventie et Lestrem), la Communauté de communes s'étoffe à nouveau avec 35 membres communautaires titulaires dont 14 membres du Bureau.