La Communauté de communes a intégré dans ses statuts la compétence "création et gestion d'un relais assistantes maternelles intercommunal". Il s'agit d'étendre le service déjà existant (La Gorgue et Laventie-Lestrem) à l'ensemble du territoire intercommunal. Ce transfert de compétences est effectif depuis le 1er janvier 2006.

La Communauté de communes Flandre Lys est la première intercommunalité de France a intégrer le programme EPODE ("Ensemble, Prévenons l'Obésité Des Enfants") pour prévenir l'obésité infantile. L'objectif du programme est d'éviter la prise excessive de poids chez les enfants par un plan d'intervention sur 5 ans fait avec et pour la population.